SOLIDWORKS bietet das Kombinieren von Volumenkörpern in Teilen (Mehrkörper-Teildatei) an, aber nicht das Kombinieren von Teilen in Baugruppen.
In der SOLIDWORKS Hilfe findet sich in diesem Artikel folgende Aussage:

"Sie können nur Körper miteinander kombinieren, die in einer Mehrkörper-Teildatei enthalten sind. Zwei separate Teile können nicht miteinander kombiniert werden."
Und weiter:
"Sie können jedoch ein Mehrkörper-Teil erstellen, indem Sie mit der Option Teil einfügen ein Teil in die andere Teildatei einfügen. Anschließend können Sie die Option Kombinieren für das Mehrkörper-Teil verwenden."

Wie das geht, stellen wir hier vor:

1. Teil, dass abgezogen werden soll öffnen (Teil_kombi-Körper.prt)
2. Teil, von dem abgezogen werden soll öffnen (Teil_Hauptkörper.prt)
3. Ab hier gehts im Teil_Hauptkörper.prt weiter: Einfügen > Teil > Teil_kombi-Körper.prt > Haken nur bei Volumenkörper und Teil mit Verschieben-/Kopieren-Feature finden setzten > mit grünem Haken oben links bestätigen (s. Bild unten)
4. Auf Zwangsbedingungen umschalten (s. Bild unten)
5. Teile wie in der Baugruppe verknüpfen
6. Einfügen > Features > Kombinieren (oder in der Befehlssuche eingeben) (s. Bild unten)
7. Bei Bedarf noch Volumenkörper ausblenden
8. Das Teil_kombi-Körper.prt in der Baugruppe auf das entfernte Volumen von Teil Teil_Hauptkörper.prt verknüpfen
9. Die Position wird nun nicht mehr in der Baugruppe bestimmt sondern im Hauptkörper (Teil_Hauptkörper.prt) (s. Bild unten)

Ausgangslage (zwei sich durchdringende Teile in einer Baugruppe):



Zu Punkt 3:



Zu Punkt 4:



Zu Punkt 6:



Zu Punkt 9:

Resultat: